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不同基因检测方法比较
作者:68caifu 来源: 日期:2019-11-7 22:06:11 人气:标签:
  基因检测的技术其实很多,目前大概有13类基因检测技术,他们之间优劣势对比如下。   1、等位基因特异性PCR   优点:敏感性 - 需要突变存在1-5%。无需特殊设备。   缺点:目标特异性,无法检测到可能存在于肿瘤DNA中的其他突变。   2、Sanger双脱氧测序   优点:可以检测到各种未知的突变。如果首次从样本中提取融合转录物的RNA,可用于检测基因融合。无需特殊设备。   缺点:劳动强度大,需要突变DNA存在20-25%。无法检测到外显子或基因 拷贝数的变化。   3、焦磷酸测序   优点:快速和灵敏地检测5%水平的突变DNA。   缺点:需要焦磷酸测序仪器; 在可以在肿瘤DNA中检测到的突变类型方面受到限制。   4、质谱法   优点:灵敏,存在5-10%可靠地检测突变DNA; 测试多个基因。   缺点:需要质谱仪器; SNV特异性并且不能检测可能存在的肿瘤DNA中的其他突变。   5、单碱基扩展测定   优点:灵敏,可靠地检测突变DNA,如果以5-10%存在; 测试多个基因。无需特殊设备。   缺点:SNV特异性并且不能检测可能存在于肿瘤DNA中的其他突变。   6、多重连接依赖性探针扩增 - MLPA   优点:快速且能够同时检测多个突变。无需特殊设备。可以检测到10%的目标SNV。   缺点:对于外显子或基因 拷贝数变异检测,需要突变DNA以20-40%的水平存在。靶向的SNV和外显子和基因 拷贝数变体都是特异性的,并且不能检测到肿瘤DNA中的其他突变。试剂盒可能不适用于感兴趣的基因或突变。新鲜冰冻组织检测效果优于石蜡包埋组织提取DNA。   7、荧光原位杂交 - FISH   优点:轻松检测基因 拷贝数变化和有针对性的SV,这些SV不易被其他方法检测到; 基于细胞的成像可以检测一小部分细胞中的事件。   缺点:需要石蜡包埋组织未染色的切片; 无法检测到实体瘤肿瘤中发生的大多数突变类型。   8、新一代测序-扩增捕获   优点:能够同时检测单个碱基替换以及更复杂的突变,包括单次测定中许多基因中的重复,插入,缺失和插入缺失; 需要少量的DNA。当测序到高“覆盖深度”(1000x覆盖率)时,测定对于检测低丰度突变是敏感的。   缺点:昂贵; 需要一种完全不同于其他分子检测方法的DNA制备方法。无法检测基因 拷贝数变化和SV。   9、新一代测序 - 杂交捕获   优点:能够同时检测单个测定中许多基因中的替换,重复,插入,缺失,插入和外显子和基因 拷贝数变化。探针也可以设计为捕获经常重新排列的基因中的选择性易位断点,如FoundationOne TM。   缺点:昂贵; 需要与传统上用于其他分子突变测定的完全不同的DNA制备方法; 需要更多的肿瘤组织; 需要复杂的生物信息学。   10、新一代测序 - 全外显子组测序   优点:综合性中等。在同一检测中,可同时检测许多基因中的替换,重复,插入,缺失,插入和外显子和基因 拷贝数变化。   缺点:昂贵; 需要完全不同于传统上用于其他分子突变检测技术的DNA制备方法; 需要更多的肿瘤组织; 需要复杂的生物信息学。   11、新一代测序 - 全基因组测序   优点:最全面。可同时检测整个基因组中的替换,重复,插入,缺失,插入,基因和外显子拷贝数变化以及染色体反转和易位。   缺点:昂贵和低产量; 需要完全不同于传统上用于大多数突变检测技术的DNA制备方法; 需要更多的肿瘤组织; 需要复杂的生物信息学; 对数据存储和处理有巨大的计算需求。   12、数字PCR - ddPCR   优点:高水平的敏感性和特异性; 相对便宜。   缺点:只能检测已知的有针对性的突变 ; 受限于检测到的突变类型; 每个测定只能检测到有限数量的突变。   13、BEAMing技术   优点:高度的敏感性和特异性   缺点:只能检测已知的有针对性的突变 ; 受限于检测到的突变类型; 每个测定只能检测到有限数量的突变。
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